جستجوی مدارک درباره دریا برای یک کار مدرسه باعث می‌شود درب جادویی دوریمون باز شود و نوبیتا را به شیزوکا، جیان و سوئنو در اعماق اقیانوس ببرد. این بار دوستان ما سوار یک قایق بزرگ و منحصر به فرد می‌شوند تا درباره رازهای دریا بیاموزند و به دنبال گنج‌ها بروند. آنچه هیچ‌کس تصور نمی‌کند این است که یک انحراف در خط زمان-فضا آنها را به قرن هفدهم در میان طوفانی بزرگ می‌برد که باعث غرق شدن آنها می‌شود و دوریمون جیب جادوییش را گم می‌کند. وقت برای از دست دادن نیست، دوستان ما باید راهی برای فرار پیدا کنند. آیا موفق خواهند شد؟