اگرچه تنها شانزده ساله است و به نظر می‌رسد کوچک‌تر باشد، میساو مکیماتی از اعضای باتجربه و معروف قبیله نینجا اونیوابانشو است. این برای میساو خوشبختی است زیرا توانایی‌های او می‌تواند جانش را در برابر سفری در جست‌وجوی رهبر قبیله، اوسـی شیـنوموری، حفظ کند تا با مردی خطرناک‌تر روبه‌رو شود و نقشه‌ای برای براندازی دولت میجی به وجود آید! به سرعت درگیر ماجرای قاتل افسانه‌ای هیـتـوكـيري باتوسای شده و اکنون به نام کینشین هیمورا، استفاده‌کننده از شمشیر معکوس، میساو را به مرکز توطئه‌ای مرگبار علیه مکوتو شی‌شیو می‌برد که آغاز فتح ژاپن را از کیوتو تشکیل می‌دهد.